筆者が MySQL を使うときにデータベースエンジンは、トランザクションが有効な InnoDB を選びます。通常、検索速度重視なら MyISAM、トランザクションが必要なら InnoDB を選びますね。
MySQL にとって重要なデータベースエンジンである InnoDB が、なくなってしまうことは考えにくいですが、Innobase 社がOracle社の傘下になったことで、Oracle データベースの市場を侵食しないよう開発方針を支配される可能性はあります。
InnoDBとMySQLの契約は来年に更新時期を迎えますが、契約を延長する方向で話を進めるようです。
MySQLは「歓迎」のコメントを残しています。ただし、MySQL が来年契約延長するかどうかは条件次第ではないかと思います。
InnoDB の他にどんなストレージ・エンジンがあるかは、IT Pro の記事を読むといいでしょう。
【MySQLウォッチ】第20回 MySQL 5.0で一挙に増加，様々な特徴を持つストレージ・エンジン
■参考記事
Oracle決算、データベースが伸び悩み
Oracle、オープンソースソフト企業のInnobase買収
米OracleがオープンソースDBエンジン「InnoDB」を買収，MySQLは「歓迎」
