# cd /var/lib
# cp -a rpm rpm.bak
# cd rpm
# rm __db.*
# rpm --rebuilddb
/var/lib/rpm 配下の __db.001,__db.002,__db.003 がRPMデータベースファイルです。
これらを削除してもう一回作り直します。
マシンスペック次第ですが、結構時間がかかりますので気長にお待ちを。
error: db4 error(16) from dbenv->remove: Device or resource busy
最後にこんなエラーが出ますが、気にしなくてよいようです。